Sistem pengelolaan The JAMMILT secara garis besar dapat digambarkan sebagai berikut, author menyerahkan artikel beserta dengan surat pernyataan orisinalitas artikel. Selanjutnya artikel yang diterima oleh redaksi, pertama kali akan dilakukan review teknis oleh editor. Tahap berikutnya akan dilakukan  review oleh reviwer yang sudah ditunjuk oleh editor. Reviewer internal merupakan dosen di lingkungan Fakultas  ilmu Kesehatan UM Surabaya sesuai dengan bidang keilmuan terkait. Reviewer eksternal, berasal dari Fakultas Ilmu Kesehatan berbagai universitas di Indonesia  serta para praktisi di bidang kesehatan. Review oleh mitra bebestari merupakan review secara substantif, sementara review format penulisan dilakukan oleh editor.

Dalam mereview artikel, mitra bestari mengacu pada panduan penilaian yang telah dipersiapkan oleh redaksi. Format penilaian tersebut meliputi orisinalitas ide atau gagasan yang diajukan, ketepatan teori yang digunakan dalam menganalisa permasalahan, termasuk juga sistematika penulisan artikel yang baik dan jelas. Elemen-elemen penilaian ini menjadi panduan mitra bebestari untuk memutuskan apakah artikel layak untuk dimuat, dimuat dengan perbaikan atau ditolak sama sekali. Setelah artikel melalui proses review oleh mitra bebestari, penulis diberi kesempatan untuk memperbaiki artikel sesuai dengan saran dari mitra bestari. Selanjutnya akan dilakukan proof read secara kebahasaan (Inggris dan Indonesia).

Artikel yang telah melalui semua proses diatas akan masuk ke sidang dewan redaksi untuk diputuskan status dan waktu penerbitannya. Proses berlanjut ke final editing dan desain. Selanjutnya dilakukan final check, sebagai langkah terakhir sebelum dilakukan penerbitan.