Bilah Samping Artikel

Telah diserahkan
Maret 9, 2023
Diterima
Juli 5, 2024
Diterbitkan
Mei 30, 2024
Unduh
PDF
Statistik
Baca Penghitung : 44 Unduh : 58

Isi Artikel Utama

Abstrak

Connexin-36 (Cx36) merupakan salah satu protein kanal antar sel. Protein ini paling banyak ditemukan pada otak. Gen Cx36 mengekspresikan protein penghubung Cx36 yang membentuk sinaps listrik. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh desain primer terbaik untuk menganalisis ekspresi Cx36 pada otak tikus dengan metode Quantitative Real Time PCR (qRT-PCR). Jenis penelitian ini adalah penelitian true experimental menggunakan mRNA dari 4 otak tikus. Analisis in silico menggunakan tools Primer 3 dan OlygoAnalizerTM by IDTdengan menggunakan database gen pada NCBI. Tiga primer dengan kriteria yang paling optimum kemudian dievaluasi dengan metode qRT-PCR. Berdasarkan hasil penelitian ketiganya mampu mengamplifikasi gen Cx36 dengan menggunakan qRT-PCR. Hasil primer terbaik menunjukkan melt curve tunggal pada primer no.5 gen Cx36 pada kisaran Tm 80-81oC. Hasil perbandingan uji in silico primer Cx36 yang sudah pernah dipublikasi sebelumnya menunjukkan bahwa primer no. 5 juga memiliki nilai optimal pada setiap kriteria. Maka hasil desain primer yang memiliki spesifisitas dan efektifitas yang optimum untuk mengamplifikasi gen Cx36 pada otak tikus Rattus norvegicus ialah primer no.5 (F: 5’-ATTTCCCGCTTCTACATCATCCAAG-3’ dan R: 5’-CACAGCAAACATGAACACCAGAAAG-3’).

Rincian Artikel

Lisensi

 

This work is licensed under  Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.

 

Biografi Penulis

Sri Suciati Ningsih, Fakultas Kedokteran, Universitas Muhammadiyah Prof Dr Hamka

Fakultas Kedokteran

Referensi

  1. Ãlvarez-Fernández, R. (2013) ‘Explanatory chapter: PCR primer design’, Methods in Enzymology, 529, pp. 1–21. doi: 10.1016/B978-0-12-418687-3.00001-X.
  2. Apte, A. and Daniel, S. (2009) ‘PCR primer design’, Cold Spring Harbor Protocols, 4(3), pp. 1–10. doi: 10.1101/pdb.ip65.
  3. Banasik, M., Stanisławska-Sachadyn, A. and Sachadyn, P. (2016) ‘A simple modification of PCR thermal profile applied to evade persisting contamination’, Journal of Applied Genetics, 57(3), pp. 409–415. doi: 10.1007/s13353-015-0336-z.
  4. Beheshti, S., Zeinali, R. and Esmaeili, A. (2017) ‘Rapid upregulation of the hippocampal connexins 36 and 45 mRNA levels during memory consolidation’, Behavioural Brain Research, 320, pp. 85–90. doi: 10.1016/j.bbr.2016.11.048.
  5. Calabrese, A. et al. (2003) ‘Oscillations and Insulin Secretion in MIN6 Cells’, Diabetes, 52(August 2002), pp. 2–9.
  6. Chuang, L. Y., Cheng, Y. H. and Yang, C. H. (2013) ‘Specific primer design for the polymerase chain reaction’, Biotechnology Letters, 35(10), pp. 1541–1549. doi: 10.1007/s10529-013-1249-8.
  7. Donahoe (2012) â€˜åŸºå› çš„æ”¹å˜NIH Public Access’, Molecular and Cellular Biochemistry, 23(1), pp. 1–7. doi: 10.1016/j.neulet.2012.01.075.Regulation.
  8. Le Gurun, S. et al. (2003) ‘Connexin-36 contributes to control function of insulin-producing cells’, Journal of Biological Chemistry, 278(39), pp. 37690–37697. doi: 10.1074/jbc.M212382200.
  9. Handoyo, D. and Rudiretna, A. (2001) ‘Prinsip umum dan pelaksanaan Polymerase Chain Reaction (PCR)’, Unitas, 9(1), pp. 17–29.
  10. Li, K. and Brownley, A. (2015) ‘Chapter 18 Primer Design for RT-PCR’, Methods Mol Biol. 2010;630:271-99., 630, pp. 271–299. doi: 10.1007/978-1-60761-629-0.
  11. Lusian, R. (2021) ‘Analisis Kualitas Dan Kuantitas Rna Total’, pp. 102–108.
  12. Nicholson, S. M. et al. (2001) ‘Altered gene expression in Schwann cells of connexin32 knockout animals’, Journal of Neuroscience Research, 66(1), pp. 23–36. doi: 10.1002/jnr.1194.
  13. No, C. and Co, T. (2004) ‘qPCR Mix’.
  14. Pradnyaniti, D. ., Wirajana, I. . and Yowani, S. . (2013) ‘Desain Primer secara in silico untuk Amplifikasi Fragmen Gen rpoB Mycobacterium tuberculosis dengan Polymerase Chain Reaction (PCR)’, Universitas Udayana, pp. 124–130.
  15. Praja, R. K. and Rosalina, R. (2021) ‘Perancangan primer gen lktB pada Fusobacterium necrophorum untuk analisis PCR’, Jurnal Sains dan Teknologi Peternakan, 2(2), pp. 47–55. doi: 10.31605/jstp.v2i2.960.
  16. Promega (2004) ‘SV Total RNA Isolation System. Catalog no. Z3100, TM048’, p. 28.
  17. Rahardianti, R. and Nur, E. M. (2017) ‘Akurasi Metode Real Pcr untuk Analisa Ekspresi Gen PmVRP15’, Prosiding Pertemuan Teknis Teknisi Litkayasa Lingkup BBPBAP Jepara, pp. 1–166.
  18. Rimkute, L. et al. (2018) ‘Modulation of connexin-36 gap junction channels by intracellular pH and magnesium ions’, Frontiers in Physiology, 9(APR), pp. 1–12. doi: 10.3389/fphys.2018.00362.
  19. Simon, P. W. et al. (2019) ‘Carrot Carotenoid Genetics and Genomics’, 1275, pp. 247–260. doi: 10.1007/978-3-030-03389-7_14.
  20. Stujanna, E. N. et al. (2022) ‘Collagen-VI Specific Primer Design Identification in Rats (Rattus norvegicus) Pancreas’, Indonesian Journal of Medical Laboratory Science and Technology, 4(1), pp. 60–70. doi: 10.33086/ijmlst.v4i1.2515.
  21. Teubner, B. et al. (2000) ‘Functional expression of the murine connexin 36 gene coding for a neuron-specific gap junctional protein’, Journal of Membrane Biology, 176(3), pp. 249–262. doi: 10.1007/s002320001094.
  22. Toyobo (2004a) ‘Instruction manual ReverTra Ace TM qPCR RT Master Mix with gDNA’.
  23. Toyobo (2004b) ‘ReverTra Ace TM qPCR RT Master Mix with gDNA remover2004 ReverTra Ace TM qPCR RT Master Mix with gDNA Remover’.
  24. Udvardi, M. K., Czechowski, T. and Scheible, W. R. (2008) ‘Eleven golden rules of quantitative RT-PCR’, Plant Cell, 20(7), pp. 1736–1737. doi: 10.1105/tpc.108.061143.
  25. Ye, J. et al. (2012) ‘Primer-BLAST: a tool to design target-specific primers for polymerase chain reaction.’, BMC bioinformatics, 13, p. 134. doi: 10.1186/1471-2105-13-134.
  26. Zhu, H., Korabeˇ, M. and Neuˇ, P. (2020) ‘Review PCR past , present and future’, 69(4), pp. 1–9.