Specific Primer Design to Detect Connexin-36 Gene in Rattus Norvegicus Brain

Abstrak

Connexin-36 (Cx36) merupakan salah satu protein kanal antar sel. Protein ini paling banyak ditemukan pada otak. Gen Cx36 mengekspresikan protein penghubung Cx36 yang membentuk sinaps listrik. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh desain primer terbaik untuk menganalisis ekspresi Cx36 pada otak tikus dengan metode Quantitative Real Time PCR (qRT-PCR). Jenis penelitian ini adalah penelitian true experimental menggunakan mRNA dari 4 otak tikus. Analisis in silico menggunakan tools Primer 3 dan OlygoAnalizerTM by IDTdengan menggunakan database gen pada NCBI. Tiga primer dengan kriteria yang paling optimum kemudian dievaluasi dengan metode qRT-PCR. Berdasarkan hasil penelitian ketiganya mampu mengamplifikasi gen Cx36 dengan menggunakan qRT-PCR. Hasil primer terbaik menunjukkan melt curve tunggal pada primer no.5 gen Cx36 pada kisaran Tm 80-81oC. Hasil perbandingan uji in silico primer Cx36 yang sudah pernah dipublikasi sebelumnya menunjukkan bahwa primer no. 5 juga memiliki nilai optimal pada setiap kriteria. Maka hasil desain primer yang memiliki spesifisitas dan efektifitas yang optimum untuk mengamplifikasi gen Cx36 pada otak tikus Rattus norvegicus ialah primer no.5 (F: 5’-ATTTCCCGCTTCTACATCATCCAAG-3’ dan R: 5’-CACAGCAAACATGAACACCAGAAAG-3’).